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以香港作为示例，试管婴儿缺陷的发生率同传统生产的缺陷一样，都在 2% 到 4% 之间。若论及胎儿缺陷，虽然做试管有其可能性，但做诊断性试管孕前基因筛查的就诊者，胎儿缺陷发生的几率会显着低于正常传统方式的怀孕。然而，像胎盘早剥或先兆流产这样的问题，在试管婴儿中比传统生产要高，一些专家认为这种情况与试管技术技术有一定关系。

在目前的研究中，人们已经认识到，当一对夫妇遭到基因疾病的害以及无谓的畸形时，没有任何证据表明试管婴儿的出生孩子会更容易患上这类病，更重要的是，试管婴儿中具体基因缺陷的发病率也没有此前担心的那么高。

此外，有研究表明，试管婴儿缺陷可能会和生理缺陷有关。如胰岛素依赖性糖尿病、皮肤沉睡症、免疫系统疾病、低血压、发育迟缓等都被认为是试管婴儿缺陷的可能原因，因此，如果试管技术一经推行，就应当加大对试管婴儿缺陷的监测力度。

试管婴儿的确可以避免不良遗传物质的传递，但关于试管婴儿的缺陷，仍然存在一些科学上的不确定性，尽管在试管婴儿缺陷的研究方面，许多人也进行了一些报告，而且，试管生出的孩子在某些方面也可能不足，但是如果在行前和行为后都能得到有效的观测和治疗，缺陷也能加以改善，以最大限度减少试管婴儿可能存在的缺陷。